2023年3月1日，上海船舶运输科学研究所有限公司和中远海运重工有限公司正式进入共享管理运行模式。

2023年2月28日，根据中远海运业务重组工作安排，船研所与中远海运科技股份有限公司解除托管关系。

2021年12月，为深化国有企业改革和建立现代企业制度，根据中央企业公司制改制工作有关要求，经中国（上海）自由贸易试验区市场监督管理局核准登记，“上海船舶运输科学研究所”更名为“上海船舶运输科学研究所有限公司”。

2018年2月，经集团批准并报深交所备案，以上海船研所为依托、以中远海运科技为载体，组建中远海运集团集团科技创新和数字化建设平台。

2017年8月，根据中远海运业务重组工作安排，上海船舶运输科学研究所与中远海运科技股份有限公司实施战略重组。

按照集团战略规划整体部署，原集团直属单位中海电信有限公司、中海信息系统有限公司整体划归我所管理。

经国务院批准，船研所整体进入中国海运（集团）总公司，成为其全资子企业。

国务院国有资产监督管理委员会（简称国资委）成立，国务院授权其对企业国有资产履行出资人管人、管事和管资产的职责；船研所同其他中央企业一并划归国资委管理。

根据科技部等六部（委）《关于印发建设部等11个部门（单位）所属134个科研机构转制方案的通知》（国科发政字[2000]第300号）要求，船研所转制为科技型企业，由交通部划归中央企业工作委员会管理。

1962年1月，交通部批准成立上海船舶运输科学研究所（简称“船研所”），为交通部直属科研机构（正局级事业单位编制）。